その他メモ

カーブフィッティング(gnuplot)

蛍光偏光解消法による解離定数算出に使用したスクリプト [ファイル]


理論式

\(f(x)=A_{\rm obs}=\frac{[{\rm D}]+[{\rm E}]+K_{\rm d}-\sqrt{([{\rm D}]+[{\rm E}]+K_{\rm d})^2-4[{\rm D}][{\rm E}]}}{2[{\rm D}]}\times(A_{\rm max}-A_{\rm min})+A_{\rm min}\)

[D]:(蛍光ラベル済)DNA濃度 (µM)、[E]:酵素濃度 (µM)、Aobs:測定した蛍光異方性、 Amin:100% 解離状態での蛍光異方性、Amax:100% 結合状態での蛍光異方性


<手順>

  1. 実験データをxlsで処理して、酵素濃度とanisotropy(と標準誤差)の値(セルの書式は指数)をcsv(カンマ区切り)で保存
  2. ./Analysis_FL_pol.sh ファイル.csv

* 初期値のDNA濃度は0.05 µMに設定。変更時は スクリプト実行時に --dna_conc=値 を付加

* (121203)OSXでは2回実行しないとpngが作成されない?

卒業研究指導中に必要になったシェルスクリプト

大量のテキストファイルから任意の一部分だけをぬき出すシェルスクリプト [ファイル]

  1. #!/bin/sh
  2. # アウトプットファイル名の入力 #
  3. echo "Input output name"
  4. read Out
  5. echo "$Out" > $Out.txt
  6. # ディレクトリのリストアップ ($10に注意!) #
  7. Diffusion="`ls -l ./ | awk '{print $10}'`"
  8. for D in $Diffusion
  9. do
  10. if [ -d $D ];
  11. then
  12. echo "$D" > orig.txt
  13. # サブディレクトリのリストアップ #
  14. Run="`ls -l ./$D/ | awk '{print $10}'`"
  15. for Runset in $Run
  16. do
  17. if [ -d ./$D/$Runset ];
  18. then
  19. # データの取り出し #
  20. Data="`awk '($2==4.00){print $41}' ./$D/$Runset/BaseConcSum.txt`"
  21. # データの書き出し #
  22. echo "$D $Data" > junk_$Runset.txt
  23. cat orig.txt junk_$Runset.txt > junk.txt
  24. cp junk.txt orig.txt
  25. rm junk_$Runset.txt
  26. rm junk.txt
  27. else
  28. continue
  29. fi
  30. done
  31. # データの整形 #
  32. awk -v ORS=' ' '1;END{printf"\n"}' orig.txt > orig_junk.txt
  33. cat $Out.txt orig_junk.txt > {$Out}_junk.txt
  34. cp {$Out}_junk.txt $Out.txt
  35. rm orig.txt
  36. rm orig_junk.txt
  37. else
  38. continue
  39. fi
  40. done
  41. rm {$Out}_junk.txt

(注意) gawk '{print $10}は"ls -l"での10番目にファイル名がある場合

サブディレクトリにも存在する複数のファイル(*.txt)の文字置換スクリプト

  • find ./* -type f -name '*.txt' | xargs perl -i.bak -pe 's/”前文字列”/”後文字列”/g'

or

  • find ./* -type f -name '*.txt' -exec perl -i.bak -pe 's/”前文字列”/”後文字列”/g' {} \;

(注意)

{}の場所にはfindコマンドで探したファイル名が入る。

; はコマンドの終わりを表すが、find へ「;」をわたすためにエスケープしてある。

「{}」と「\」の間には必ずスペースを空けなくてはならない。


Biophysical Chemistry