OSXメモ

SSHFS

sshfsを使ってsshでネットワークドライブをマウントする。

  1. Fuse for OS Xから、OSXFUSEとSSHFSダウンロードして、インストールする。
  2. 接続のテスト
    $sshfs ユーザー名@サーバー名: マウント場所
  3. Macfusionをダウンロードして、Applicationsの下に移動
  4. sshfs-statの置き換え、
    $cd /Applications/Macfusion.app/Contents/PlugIns/sshfs.mfplugin/Contents/Resources
    $mv sshfs-static sshfs-static.orig
    $ln -s /usr/local/bin/sshfs sshfs-static

Adobe FLASHのインストールが失敗する

ターミナルからインストール

  1. Adobe Flashのアップデートをダウンロード
  2. $sudo /Volumes/Adobe\ Flash\ Player\ Installer/Install\ Adobe\ Flash\ Player.app/Contents/MacOS/Install\ Adobe\ Flash\ Player

Mendeley関係

雑誌名を略名にする準備

  1. ~/Library/Application Suport/Mendeley Desktop/ に journalAbbreviations ディレクトリを作成
  2. default.txtを中に作り、タブ区切りで ジャーナル名 略名 を記入

CSLの編集メモ

templateはこれ

  1. 著者の数
    <bibliography>に et-al-min="6" et-al-use-first="1" を変更
  2. last authorの前の&をandに
    <macro name="author">の and=”symbol” をand="text"に変更
  3. 区切り方を変更
    authorなどはdelimiter、他はprefixやsuffixで変更
  4. リストにtitleも入れる
    <text variable="title" prefix=" " suffix= " " />を使う

finkで入れたPyMOLの起動アプリ作成 おすすめ!

出来たアプリをクリックすれば、裏でターミナルから/sw/bin/pymol を実行する。pdbファイルをドロップすれば、そのファイルを読み込んで実行する。

  1. (前提)FinkでPyMOLインストールして、/sw/bin にpymolの実行ファイルが置いてある。
  2. Applications > Utilities > AppleScript Editor を立ち上げ、下記のスクリプトを書き込む。
    1. on open drop
    2. set drop_posix to POSIX path of drop
    3. set fdir to do shell script "n=" & drop_posix's quoted form & ";echo \"${n%/*}\""
    4. tell current application
    5. do shell script "(cd '" & fdir &"';( sleep 0; /sw/bin/pymol '" & drop_posix & "')) >/dev/null 2>&1 &"
    6. end tell
    7. end open
    8. on run
    9. tell current application
    10. do shell script "cd ~/Desktop ;(sleep 0; /sw/bin/pymol) >/dev/null 2>&1 &"
    11. end tell
    12. end run
  3. ファイルフォーマットを「アプリケーション」にして保存 
  4. (お好みで)アイコンを変更する

*4行目と9行目のスクリプトを変えれば他のプログラムの起動アプリケーションにもなる。

導入アプリなど

  1. BetterTouchTool ・・・トラックパッドやmagic mouseの操作設定
  2. Caffeine ・・・スリープのコントロール
  3. AppCleaner ・・・アプリケーションの削除
  4. MailTab for Gmail ・・・gmail
  5. Xmarks ・・・ブックマークの同期
  6. google日本語入力
  7. ClamXav ・・・ウィルス対策
  8. MuteCon ・・・起動音をmuteする
  9. TextWrangler ・・・text editor
  10. Launchpad-Control ・・・Launchpadに表示するアプリの編集
  11. TimeMachineEditor ・・・Time Machineのスケジューラー
  12. Herald ・・・Mailのお知らせ
  13. LetterFix for Mac OS X Mail.app ・・・Mailの文字化け防止

Terminalの設定

(120402)

beep音を消す

  1. ホームディレクトリに.inputrcを作成し、↓を書き込む。
  2. set bell-style none

lsの色を変える

  1. .profileに↓を書き込む
  2. export LSCOLORS=Cxfxcxdxbxegedabagacad
    • a:black, b:red, c:green, d:brown, e:blue, f:magenta, g:cyan, h:light gray, x:defult foreground or background

Finderでリモートサーバとファイルのやり取り

(120321)

sshfsを使ってsshでネットワーク上のLinuxのディスクをマウントする。

  1. Tuxera's MacFuse 2.2をダウンロードして、インストールする。
  2. macfuseからleopard用のsshfsをダウンロードして、PATHの通った場所に置く。(/sw/bin/ に置いた)
  3. $sshfs ユーザー名@サーバー名: マウント場所

自動接続用アプリ

  1. Macfusionを導入する
  2. Applescriptエディターで作る
    1. display dialog "Input Password" default answer "" with hidden answer
    2. set PASS to (text returned of result) as string
    3. do shell script "echo '"& PASS &"' | /sw/bin/sshfs -o password_stdin ユーザー名@サーバー名: マウント場所

*Finderの環境設定から、サイドバーに表示する項目>デバイス>iMac にチェックを入れて、マウントした際に表示されるアイコンをサイドバーにドロップしておくと次からもそこに表示される。

iCalとgoogle calenderを同期

Preferenceからアカウントの追加をする

隠れてるディレクトリをFinderに表示

terminalで

$chflags nohidden ~/Library/ (表示)

$chflags hidden ~/Library/ (非表示)

ClamXav

  1. dmgをhttp://www.clamxav.com/からダウンロード(App storeだとProxyの設定が不明)
  2. /usr/local/clamXav/etc/freshclam.conf を編集

MacPortsの導入

finkはproxyをこえれなかったのでMacPortsをインストール

(110905)zlibのライブラリが入らない

  1. App storeからXcodeをダウンロードして、インストール
  2. MacPortのdmgファイルをダウンロードして、インストール
  3. ~/subversion/servers にproxy設定を書き入れる
  4. /opt/local/etc/macports/sources.conf のrsyncの行をコメントアウトして、file:///opt/local/var/macports/sources/dports/ [default] を書く
  5. /opt/local/var/macports/sources に移動
  6. $sudo svn co http://svn.macports.org/repository/macports/trunk/dports
  7. $sudo port -d sync

FinkでPyMOLの導入

proxyの設定

  1. ~/.profileに環境変数RSYNC_PROXYを追加
  2. $sudo visudo で Defaults env_keep+="RSYNC_PROXY" を追加

finkの設定

  1. App storeからXcodeをダウンロードして、インストール
  2. (120312) Xcodeが4.3になり、Xcodeのインストール後に、Preference > Downloads > command line tools をインストールする必要がありそう

  3. finkのソースファイルをダウンロードして、展開
  4. $./bootstrap
  5. $/sw/bin/pathsetup.sh
  6. $fink selfupdate-rsync
  7. $fink index -f
  8. $fink install pymol-py27

構造解析関係プログラム(CCP4、COOT、PyMOL)の導入

Proxyの中からでも使えました

William Scott先生のHP(Crystallography on OSX)を参考に、unofficial repositoryを使用させて頂きました。

  1. Xcodeのインストール
  2. Xcodeを立ち上げ、Preference > Downloads > command line toolsをインストール
  3. finkのインストール、ダウンロードして展開
    • $./bootstrap
    • $/sw/bin/pathsetup.sh
  4. /sw/etc/apt/source.list の下部に↓の2行を追加
    • deb http://psbmini.ucsc.edu/fink_intel_10.7_64bit_sw stable main
    • deb http://psbmini.ucsc.edu/fink_intel_10.7_64bit_sw local main
  5. suコマンドを利用可にする
    システム環境設定 > ユーザとグループ > ログインオプション ネットワークアカウントサーバ > ディレクトリユーティリティ > 編集 > ルートユーザーを有効にする にチェック
  6. suのproxyを設定
    /var/root/.profileを作成して、/sw/init.sh を書きこむ
  7. $su
  8. $apt-get update
  9. $apt-get dist-upgrade
  10. $apt-get install ”パッケージ名”

Micro Officeのインストール

参考:http://support.apple.com/kb/HT1777?viewlocale=ja_JP(appleサポートページ)

  1. windows7 PCに"DVD または CD 共有設定の Windows 用アップデート 1.0 "をインストール
  2. windowsPCのコントロールパネルからDVD/CDの共有を設定
  3. macで"デバイス > リモートディスク"を選んで接続。(windows側で許可を忘れずに!)

トラックパッドなど

  1. ドラッグロック
    ユニバーサルアクセス > トラックパッドオプション > ドラッグロックあり

AppleScriptなど

uiを調べる

  • 				
    tell application "System Events"
    	tell process "System Preferences"
    		get every UI element
    		tell window 1 of application process "System Preferences" of application "System Events"
    			get every UI element
    			get every UI element of every UI element
    		end tell
    	end tell
    end tell					
    

スクリーンセーバをoffに(10.7用)

  • 				
    tell application "System Preferences"
    	activate
    	set current pane to pane "com.apple.preference.desktopscreeneffect"
    end tell
    
    tell application "System Events"
    	tell process "System Preferences"
    		click radio button "スクリーンセーバ" of tab group 1 of window "デスクトップとスクリーンセーバ"
    		tell slider 1 of group 1 of tab group 1 of window "デスクトップとスクリーンセーバ"
    			set value to 360
    		end tell
    	end tell
    end tell
    
    set msg to "スクリーンセーバを無効にしました"
    activate
    display dialog msg buttons {"OK"} with title "スクリーンセーバ"			
    

輝度、NTPサーバの設定と同期、スクリーンセーバをoff(10.8用)

  • 				
    tell application "System Preferences"
    	activate
    end tell
    
    delay 5
    
    tell application "System Preferences"
    	activate
    	set current pane to pane "com.apple.preference.displays"
    end tell
    
    tell application "System Events"
    	tell process "System Preferences"
    		
    		if value of checkbox "輝度を自動調節" of group 1 of tab group 1 of window "iMac" of application process "System Preferences" of application "System Events" is 1 then
    			click checkbox "輝度を自動調節" of group 1 of tab group 1 of window "iMac" of application process "System Preferences" of application "System Events"
    		end if
    		
    		tell slider 1 of group 1 of tab group 1 of window "iMac" of application process "System Preferences" of application "System Events"
    			set value to 0.4
    		end tell
    	end tell
    end tell
    
    set msg to "輝度の調節完了"
    activate
    display dialog msg buttons {button returned:"OK"} with title "輝度"
    
    tell application "System Preferences"
    	activate
    	set current pane to pane "com.apple.preference.datetime"
    end tell
    
    tell application "System Events"
    	tell process "System Preferences"
    		click radio button "日付と時刻" of tab group 1 of window "日付と時刻"
    		if value of checkbox "日付と時刻を自動的に設定:" of tab group 1 of window "日付と時刻" of application process "System Preferences" of application "System Events" is 0 then
    			click checkbox "日付と時刻を自動的に設定:" of tab group 1 of window "日付と時刻" of application process "System Preferences" of application "System Events"
    		end if
    		
    		do shell script "ntpdate -u NTP" password "PASS" with administrator privileges
    		
    		set value of combo box 1 of tab group 1 of window "日付と時刻" of application process "System Preferences" of application "System Events" to "ntp.ph.sojo-u.ac.jp"
    	end tell
    end tell
    
    set msg to "ntp設定完了"
    activate
    display dialog msg buttons {button returned:"OK"} with title "ntpサーバ"
    
    tell application "System Preferences"
    	activate
    	set current pane to pane "com.apple.preference.desktopscreeneffect"
    end tell
    
    tell application "System Events"
    	tell process "System Preferences"
    		click radio button "スクリーンセーバ" of tab group 1 of window "デスクトップとスクリーンセーバ"
    		click pop up button "開始までの時間:" of tab group 1 of window "デスクトップとスクリーンセーバ"
    		click menu item 1 of menu 1 of pop up button "開始までの時間:" of tab group 1 of window "デスクトップとスクリーンセーバ"
    	end tell
    end tell
    
    set msg to "スクリーンセーバを無効にしました"
    activate
    display dialog msg buttons {button returned:"OK"} with title "スクリーンセーバ"	
    

コマンドラインで操作

  • ログイン
    osascript  
    tell application "System Events" 
    keystroke "USER" 
    keystroke tab 
    delay 0.5 
    keystroke "PASS" 
    delay 0.5 
    keystroke return
    end tell
    
    スリープの設定を解除
    systemsetup -setsleep Never -setdisplaysleep Never -setharddisksleep Never
    
    ntpサーバ設定
    systemsetup -setusingnetworktime on -setnetworktimeserver NTP
    
    「補助装置にアクセスできるようにする」へチェック
    touch /private/var/db/.AccessibilityAPIEnabled
    

Biophysical Chemistry